Im Jahr 1999 soll ein unerbittlicher Kampf das neue Jahrtausend einläuten und das Schicksal der Menschheit und aller Lebewesen besiegeln. Das Schicksal liegt in den Händen des jungen Mannes Kamui Shirô, der davon allerdings noch nichts weiß. Kamui kehrt nach längerer Abwesenheit nach Tokio zurück und muss eine Entscheidung treffen, die die unaufhaltsamen Räder des Schicksals in Bewegung setzen wird.