Duke parvient à s'échapper de Cobra mais reste bloqué sur l'île. De leur côté les Gi Joe captent une communication du Pentagone leur faisant comprendre que les officiers supérieurs travaillent pour Cobra. L'équipe infiltre une base militaire pour voler du carburant et des munitions. Mais, averti par le faux Duke, le Général décide d'attaquer le quartier général des Gi-joe. Ces dernier ne doivent leur salut qu'à l'intervention de Destro qui souhaite les aider à mettre fin aux synthoïdes.