Ramiel przebija się przez warstwy ochronne Tokio-3, aby dotrzeć do siedziby głównej NERV-u w GeoFroncie. Posiadając silną wiązkę energii niszczącą siły militarne wroga oraz bardzo silne Pole AT, Ramiel staje się przeciwnikiem, przeciwko któremu Evangeliony nie mogą podjąć bezpośredniej walki. W związku z zaistniałą sytuacją kapitan Misato Katsuragi opracowuje plan nazwany "Operacja Yashima", w którym Shinji jako pilot Jednostki 01 musi urzyć przeciwko Aniołowi działa pozytronowego; umieszczonego poza zasięgiem Ramiela i zasilanego energią z całej Japonii.