Grâce à la magie noire d’Ashida, Shoko prend le contrôle d’un arbre-Kami avec lequel elle compte bien détruire toutes les fleurs du Pays sous les Nuages. Les Mini-Ninjas vont devoir se battre contre cet esprit de la Nature. Pas facile, car le Kami prend bientôt le contrôle de Suzume !